Las zoonosis pueden ser causadas por diferentes agentes, tales como parásitos, virus o bacterias. Los parásitos son organismos que pueden encontrarse· por fuera del animal (ej: en la piel), éstos se denominan ectoparásitos; o por dentro (ej: en el· intestino), llamados endoparásitos. Algunos suelen verse a simple vista y otros· solamente a través de un microscopio. Estos organismos se alimentan de su hospedador, produciendo desde enfermedad· leve, a veces casi imperceptible, hasta daños más graves, en algunos casos pudiendo provocar la muerte. Algunos ejemplos de parásitos son Echinococcus granulosus, agente causal de la Hidatidosis, o Sarcoptes scabiei, causante de la Sarna Sarcóptica.
Las bacterias son microorganismos muy pequeños, no visibles a simple vista, que pueden presentar diferentes formas como bastones, denominados bacilos; redondos, llamados cocos;· o· forma espiralada como las espiroquetas. Las bacterias se pueden clasificar como saprófitas, éstas no generan enfermedad y se encuentran como habitantes normales en todos los seres vivos; o patógenas, como agentes causales de diversas patologías, dentro de las cuales se encuentran las enfermedades zoonóticas.

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